README.Rmd

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title: "Série spatio-temporelle"
author: "Guyliann Engels & Philippe Grosjean"
output: github_document
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```


## Contexte

Différentes analyses vous sont demandé dont les contexte vous sont expliqué ci-dessous

### La Schizophrénie

Un test d'activité cérébrale est réalisé sur un patient quotidiennement durant 120 jours. Au jour 60, les médécins lui prescrivent le médicament. 

Le nouveau médicament a t'il un effet sur l'activité cérébrale du patient étudié ? 

> Jeu de données : schizo.txt

### Les tremblements de terre dans le monde

Les tremblements de terre d'une magnitude supérieur à 7 sont comptabilisé dans le monde entre 1900 et 1998.


```{r,fig.align='center', echo=FALSE, out.width= '55%'}
knitr::include_graphics("images/earthquake.jpg")
```

 Y a t'il des périodes de fortes activités sismiques ? 

> Jeu de données : earthq.txt


### Les feux de forêts au Canada

On dénombre le nombre d'acres de forêt qui est détruit par le feu.


```{r,fig.align='center', echo=FALSE, out.width= '55%'}
knitr::include_graphics("images/feux_forets.jpg")
```

Est ce que les feux de forêts sont-ils en augmentation ?

> Jeu de données : fire.txt

**Note** :  1  acre correspond à 4046 m^2^

### La population de lynx

Une étude s'intéresse aux  lynx capturés entre 1821 et 1934 au Canada.

```{r,fig.align='center', echo=FALSE, out.width= '55%'}
knitr::include_graphics("images/lynx.jpg")
```

> Jeu de données : lynx du package datasets

### La production de bières

La production mensuelle de bière (mégalitres) est encodée mensuellement depuis 1956. Décomposez cette série avec la méthode des moyennes mobiles

```{r,fig.align='center', echo=FALSE, out.width= '65%'}
knitr::include_graphics("images/beer.jpg")
```

> Jeu de données : beer.txt

### Croissance d'arbres

Les scientifiques mesurent l'épaisseur de cernes (en cm) sur des arbres abattus en 1973. Décomposez cette série avec la méthode des moyennes mobiles

```{r,fig.align='center', echo=FALSE, out.width= '65%'}
knitr::include_graphics("images/arbre.jpg")
```

> Jeu de données : cernes.txt

### Variation de la température 

Les chercheurs rencensent la température moyenne mensuelle à Melbourne à partir de janvier 1981. Y a t'il une augmentation de la température au cours du temps ? 

```{r,fig.align='center', echo=FALSE, out.width= '65%'}
knitr::include_graphics("images/temperature.jpg")
```

> Jeu de données : temperature_melbourne_1981

### Transect de Nice à Calvi

Les chercheurs souhaitent visualiser graphiquement la distribution des Copépodes le long du transect (Variable Copepodits1)

```{r, echo= FALSE, message=FALSE, out.width= '50%', fig.align='center'}
library(tidyverse)
library(cowplot)
fr <- map_data("france")
ggplot(fr, aes(long, lat, group = group)) +
  geom_polygon(fill= "white", color = "black") +
  geom_segment(aes(y = 43.7 , x = 7.25, yend = 42.56, xend= 8.75, color = "red"), size = 1, show.legend = FALSE) +
  theme(axis.line = element_blank(), axis.title = element_blank(),axis.text = element_blank(), axis.ticks = element_blank()) +
  coord_quickmap()
```

> Jeu de données : Marbio du package (Pastecs)

### Production de lait 

La production mensuelle de lait par vache est monitoré à partir de janvier 1926. Y a t'il une évolution linéaire? Le cycle annuel est modélisable ? 

```{r,fig.align='center', echo=FALSE, out.width= '65%'}
knitr::include_graphics("images/vache.jpg")
```

> Jeu de données : milk_product_1962

### Variation de la population en Australie

Les chercheurs rencensent mensuellement le population Australienne à partir de 1978. Ils souhaitent savoir si la croissance a été linéaire. 

```{r,fig.align='center', echo=FALSE, out.width= '65%'}
knitr::include_graphics("images/australie.jpg")
```

> jeu de données : demographie.txt

## Objectifs

Nous attendons des rapports individuels liés à chaque situation présentée précédement sous le format d'un R Markdown ( format de sortie libre). Il ne s'agit pas de rapports scientifiques conventionnels dont vous connaissez bien la structure (introduction, matériels & méthodes, but, ....).

Vousq devez considérer ces rapports comme des carnets de laboratoires. Lors d'une expérience, tout est consigné dans le carnet de laboratoire.

Votre rapport doit respecter la logique suivante :

- But : Quelle est la question que vous vous posez ? Cette information se trouve dans la section ci-dessus.


- Analyse : Cette section doit montrer l'évolution de votre analyse des données. Chaque graphiqe ou chaque modèle doit être commenté dans le texte en dessous de ce dernier.


**Note :** Les données sont mises à votre disposition au sein du dépôt dans le dossier data