BioinfoScripts/addInteractionProb.pl at master · mtp-usz/BioinfoScripts · GitHub

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 03.04.2016

###############################################################################
###############################################################################
### bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla         ###
###############################################################################
###############################################################################

use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;
no autovivification;

my (
    # variable for parameters which are read in from commandline
    $help,
    $probFile,
    $col,
   );

##############################################################################
### read all needed parameters from commandline ##############################

&GetOptions(
    "help!"      => \$help,     # print this help
    "probFile=s" => \$probFile, # e.g. performanceFinal_blastX_prob.txt
    "col=i"      => \$col,      # column number of feature for which probability should be mapped.
) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

##############################################################################

# help
if ($help) {printHelp(); exit}

##############################################################################
### SETTINGS #################################################################
##############################################################################

##############################################################################
### SUBROUTINES ##############################################################
##############################################################################

###############################################################################
sub printHelp {
###############################################################################
    # prints a help about the using and parameters of this scripts
    # (execute if user types commandline parameter -h)
    # param:  no paramaters
    # return: no return value

    my (
	$usage,
	$sourceCode,
	@rows,
	$row,
	$option,
	$scriptInfo,
	$example,
       );

    $usage = "$0\n";


    print "\nUsage: " .  $usage . "\n";

    print "Valid options are:\n\n";
    open(MYSELF, "$0") or
      die "Cannot read source code file $0: $!\n";
    $sourceCode .= join "", <MYSELF>;
    close MYSELF;
    $sourceCode =~ s/^.+?\&GetOptions\(\n//s;
    $sourceCode =~ s/\n\).+$//s;
    @rows = split /\n/, $sourceCode;
    foreach $row (@rows){
        $option = $row;
	$option =~ s/\s+\"//g;
	$option =~ s/\"\s.+\#/\t\#/g;
	$option =~ s/=./\t<value> [required]/;
	$option =~ s/:./\t<value> [optional]/;
	$option =~ s/!/\t<non value> [optional]/;

	$row =~ s/^.*//;
	print "\t";
	printf("%-1s%-30s%-30s\n", "-",$option,$row);

    } # end of foreach $row (@rows)
    print "\n";
    print "Options may be abreviated, e.g. -h for --help\n\n";

    $example  = "$0";
}

##############################################################################
sub readProbFile {

    open(F, $probFile) or die "\nERROR: Failed to open probability file $probFile: $!\n\n";
    my %h = ();
    while(my $l = <F>) {
	next if($l =~ /^#/);
	chomp($l);
        my ($feat, $score, $prob) = split(/\t/, $l);
	$h{$score} = $prob;
    }
    return \%h;
}

##############################################################################
### END OF SUBROUTINES########################################################
##############################################################################


############
### MAIN ###
############

if(!defined $probFile) {
    print STDERR "\nPlease provide the path to a probability file. Type $0 -help for more information.\n\n";
    exit;
}
if(!defined $col) {
    print STDERR "\nPlease provide a column number of the feature for which the probility should be mapped. Type $0 -help for more information.\n\n";
    exit;
}


my %probMap = %{&readProbFile()};

while(my $l = <>) {
    chomp($l);
    if($l =~ /^#/) {
	print "$l\tProb\n";
	next;
    }
    my @a = split(/\t/, $l);
    my $featScore = $a[$col];
    my $prob = 0;
    foreach my $probScore (sort {$probMap{$a}<=>$probMap{$b}} keys %probMap) {
	$prob = $probMap{$probScore};
	if($featScore == $probScore or $featScore < $probScore ) {
	    last;
	}
    }
    print "$l\t$prob\n";
}