addPfam2stringInteraction.pl

#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 01.01.2000

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### bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla         ###
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use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;

my (
    # variable for parameters which are read in from commandline
    $help,
   );

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### read all needed parameters from commandline ##############################

&GetOptions(
    "help!"      => \$help,     # print this help
) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

##############################################################################

# help
if ($help) {printHelp(); exit}

##############################################################################
### SETTINGS #################################################################
##############################################################################

##############################################################################
### SUBROUTINES ##############################################################
############################################################################## 

###############################################################################
sub printHelp {
###############################################################################
    # prints a help about the using and parameters of this scripts 
    # (execute if user types commandline parameter -h)
    # param:  no paramaters
    # return: no return value

    my (
	$usage,
	$sourceCode,
	@rows,
	$row,
	$option,
	$scriptInfo,
	$example,
       );

    $usage = "$0\n";


    print "\nUsage: " .  $usage . "\n";

    print "Valid options are:\n\n";
    open(MYSELF, "$0") or
      die "Cannot read source code file $0: $!\n";
    $sourceCode .= join "", <MYSELF>;
    close MYSELF;
    $sourceCode =~ s/^.+?\&GetOptions\(\n//s;
    $sourceCode =~ s/\n\).+$//s;
    @rows = split /\n/, $sourceCode;
    foreach $row (@rows){
        $option = $row;
	$option =~ s/\s+\"//g;
	$option =~ s/\"\s.+\#/\t\#/g;
	$option =~ s/=./\t<value> [required]/;
	$option =~ s/:./\t<value> [optional]/;
	$option =~ s/!/\t<non value> [optional]/;

	$row =~ s/^.*//;
	print "\t";
	printf("%-1s%-30s%-30s\n", "-",$option,$row);

    } # end of foreach $row (@rows)
    print "\n";
    print "Options may be abreviated, e.g. -h for --help\n\n";

    $example  = "$0";
}

##############################################################################
### END OF SUBROUTINES########################################################
############################################################################## 


############
### MAIN ###
############

if(@ARGV < 1) {
    print STDERR "\n\tUsage: $0 human_ensembl_combined_hhsearchMatch_pfam_consurf_origUniprotId_origBsUniprotNo_probisBsUniprotNo_enspBsPfam.txt.gz\n\n";
    exit;
}

my $pfamFile = $ARGV[0];

my %h = ();
open(F, "zcat $pfamFile |") or die "\nERROR: Failed to open gzipped PFAM input file $pfamFile: $!\n\n";
while(my $l = <F>) {
    chomp($l);
    next if($l =~ /^#/);
    my @a = split(/\t/, $l);
    my @pfamIds = split(/,/, $a[-1]);
    $h{$a[0]}->{$a[1]}->{$a[2]}->{$a[3]} = \@pfamIds;
#    print "$a[0]\t$a[1]\t$a[2]\t$a[3]\n";

}
close(F);

while(my $l = <STDIN>) {
    chomp($l);
    next if($l =~ /^#/);
    my @a = split(/\t/, $l);
    my $pfam1 = "";
    my $pfam2 = "";
    for (my $i=25; $i<=46; $i++){
	next if($a[$i] eq "-");
	my ($pdb1, $uniprot1, $bsId1, $pdb2, $uniprot2, $bsId2, $origBsId2, $source) = split(/\;/, $a[$i]);
#	print "$pdb1\t$uniprot1\t$bsId1\t$a[0]\n";
	if(exists $h{$pdb1}->{$uniprot1}->{$bsId1}->{$a[0]}) {
	    my @pfamIds = @{$h{$pdb1}->{$uniprot1}->{$bsId1}->{$a[0]}};
	    foreach my $pfamId (@pfamIds) {
		if($pfamId ne "-") {
		    $pfam1 .= $pfamId."," if($pfam1 !~ /\b$pfamId\b/);
		} else {
		    $pfam1 .= "-," if($pfam1 !~ /\-/);
		}
	    }
	}
#	print "$pdb2\t$uniprot2\t$bsId2\t$a[1]\n";
	if(exists $h{$pdb2}->{$uniprot2}->{$bsId2}->{$a[1]}) {
	    my @pfamIds = @{$h{$pdb2}->{$uniprot2}->{$bsId2}->{$a[1]}};
	    foreach my $pfamId (@pfamIds) {
		if($pfamId ne "-") {
		    $pfam2 .= $pfamId."," if($pfam2 !~ /\b$pfamId\b/);
		} else {
		    $pfam2 .= "-," if($pfam2 !~ /\-/);
		}
	    }
	}
    }
    $pfam1 =~ s/\,$//g; 
    $pfam2 =~ s/\,$//g; 
    $pfam1 = "-" if($pfam1 eq "");
    $pfam2 = "-" if($pfam2 eq "");

    print "$l\t$pfam1\t$pfam2\n";
}