addTERflag.pl

#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 06.07.2010

use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;

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### Adds a TER flag after each chain in a PDB file.                        ###
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my $in;

&GetOptions(
    "in=s" => \$in, # PDB file with missing TER lines
    ) or die "\nPlease give the path to the PDB file with -in\n\n";

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### SUBROUTINES
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### MAIN
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if(!defined $in){
    die "\nPlease give the path to the PDB file with -i\n\n";
}
else{
    my $preChainId = "";
    my $i=0;

    open(F, $in) or die "Can't open file \"$in\"\n\n";
    my $output="";
    while(<F>){
	if(/^ATOM/){
	    my $chainId  = substr($_, 21, 1);
	    if($i==0){
		$preChainId = $chainId;
	    }
	    if($chainId ne $preChainId){
		$output.="TER\n";
		$preChainId = $chainId;
	    }
	    $output.=$_;
	    $i++;
	}
	elsif(/^TER/ or /^END/){
	    $i=0;
	    $output.=$_;
	} else {
	    $output .= $_;
	}
    }
    close(F);
    open(O,">$in") or die "Can't override file \"$in\"\n\n";
    print O $output;
    close(O);
}