BioinfoScripts/avgCoeff.pl at master · mtp-usz/BioinfoScripts · GitHub

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#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 22.01.2017

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###############################################################################
### calculates average exon usage coeffcients for features in DEXSeq        ###
### result.tsv files.                                                       ###
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###############################################################################

use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;
no autovivification;
use List::Util qw[min max sum];
use Scalar::Util qw(looks_like_number);

my (
    # variable for parameters which are read in from commandline
    $help,
   );

##############################################################################
### read all needed parameters from commandline ##############################

&GetOptions(
    "help!"      => \$help,     # print this help
) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

##############################################################################

# help
if ($help) {printHelp(); exit}

##############################################################################
### SETTINGS #################################################################
##############################################################################

##############################################################################
### SUBROUTINES ##############################################################
##############################################################################

###############################################################################
sub printHelp {
###############################################################################
    # prints a help about the using and parameters of this scripts
    # (execute if user types commandline parameter -h)
    # param:  no paramaters
    # return: no return value

    my (
	$usage,
	$sourceCode,
	@rows,
	$row,
	$option,
	$scriptInfo,
	$example,
       );

    $usage = "$0\n";


    print "\nUsage: " .  $usage . "\n";

    print "Valid options are:\n\n";
    open(MYSELF, "$0") or
      die "Cannot read source code file $0: $!\n";
    $sourceCode .= join "", <MYSELF>;
    close MYSELF;
    $sourceCode =~ s/^.+?\&GetOptions\(\n//s;
    $sourceCode =~ s/\n\).+$//s;
    @rows = split /\n/, $sourceCode;
    foreach $row (@rows){
        $option = $row;
	$option =~ s/\s+\"//g;
	$option =~ s/\"\s.+\#/\t\#/g;
	$option =~ s/=./\t<value> [required]/;
	$option =~ s/:./\t<value> [optional]/;
	$option =~ s/!/\t<non value> [optional]/;

	$row =~ s/^.*//;
	print "\t";
	printf("%-1s%-30s%-30s\n", "-",$option,$row);

    } # end of foreach $row (@rows)
    print "\n";
    print "Options may be abreviated, e.g. -h for --help\n\n";

    $example  = "$0";
}
##############################################################################
sub mean {
    my $avg = sum(@_)/@_;
    return $avg;
}
##############################################################################
sub std {
    my $avg = &mean(@_);

    my $std = 0;
    foreach my $v (@_){
	$std += ($v-$avg)**2;
    }
    @_ = (1,1) if(@_ == 1);
    $std = sqrt($std/(@_-1));

    return $std;
}
##############################################################################
### END OF SUBROUTINES########################################################
##############################################################################


############
### MAIN ###
############

my %ca;
my %no;
while(<>) {
    chomp($_);
    my @a = split(/\t/);
    my $k = "$a[0]\t$a[1]";
    my $ca = $a[7];
    my $no = $a[8];

    next if(!looks_like_number($ca));

    if(!exists $ca{$k}) {
	my @v1 = ($ca);
	$ca{$k} = \@v1;
	my @v2 = ($no);
	$no{$k} = \@v2;
    } else {
	push(@{$ca{$k}}, $ca);
	push(@{$no{$k}}, $no);
    }
}

print "#Groupt\tFeature\tN\tMeanNO\tStdNO\tStdNO/MeanNO\tMeanCA\tStdCA\tStdCA/MeanCA\n";
foreach my $k (sort keys %ca) {
    my $meanCA = &mean(@{$ca{$k}});
    my $meanNO = &mean(@{$no{$k}});
    my $stdCA =  &std(@{$ca{$k}});
    my $stdNO =  &std(@{$no{$k}});
    my $n = @{$ca{$k}};
#    my $n = $#n + 1;

    printf("%s\t%i\t%.3f\t%.3f\t%.3f\t%.3f\t%.3f\t%.3f\n", $k, $n, $meanNO, $stdNO, ($stdNO/$meanNO), $meanCA, $stdCA, ($stdCA/$meanCA));
}