BioinfoScripts/changeInsertionCode.pl at master · mtp-usz/BioinfoScripts · GitHub

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#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 28.01.2013

use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;

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### Changes the insertion code of a PDB file                                    ###
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my(
   $ain,
   $aout,
   $help,
);

&GetOptions(
   "help!" => \$help,  # print this help
   "i:s"   => \$ain,   # insertion code to be changed. If not defined, all insertion codes will be changed.
   "o=s"   => \$aout,  # into insertion code
) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

# help
if ($help) {printHelp(); exit}

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### SUBROUTINES
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sub printHelp {
###############################################################################
    # prints a help about the using and parameters of this scripts
    # (execute if user types commandline parameter -h)
    # param:  no paramaters
    # return: no return value

    my (
	$usage,
	$sourceCode,
	@rows,
	$row,
	$option,
	$scriptInfo,
	$example,
       );

    $usage = "cat xxx.pdb | $0 -o B\n";


    print "\nUsage: " .  $usage . "\n";

    print "Valid options are:\n\n";
    open(MYSELF, "$0") or
      die "Cannot read source code file $0: $!\n";
    $sourceCode .= join "", <MYSELF>;
    close MYSELF;
    $sourceCode =~ s/^.+?\&GetOptions\(\n//s;
    $sourceCode =~ s/\n\).+$//s;
    @rows = split /\n/, $sourceCode;
    foreach $row (@rows){
        $option = $row;
	$option =~ s/\s+\"//g;
	$option =~ s/\"\s.+\#/\t\#/g;
	$option =~ s/=./\t<value> [required]/;
	$option =~ s/:./\t<value> [optional]/;
	$option =~ s/!/\t<non value> [optional]/;

	$row =~ s/^.*//;
	print "\t";
	printf("%-1s%-30s%-30s\n", "-",$option,$row);

    } # end of foreach $row (@rows)
    print "\n";
    print "Options may be abreviated, e.g. -h for --help\n\n";

    $example  = "$0";
}


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### MAIN
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if(!defined $aout){
    die "Please specify \"-o\" or use -help.\n";
}

$ain = " " if(defined $ain and $ain eq "_");
$aout = " " if($aout eq "_");

while(<>){
    if(/^ATOM/ or /^HETATM/){
	my $altLoc  = substr($_, 26, 1);
	if(defined $ain){
	    if($altLoc eq $ain){
		substr($_, 26, 1, $aout);
	    }
	} else {
	    substr($_, 26, 1, $aout);
	}
    }
    print $_;
}