BioinfoScripts/comparativeModelling.pl at master · mtp-usz/BioinfoScripts · GitHub

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#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 01.01.2000

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### bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla         ###
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use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;

my (
    # variable for parameters which are read in from commandline
    $help,
    $fastaFile,
    $pdbFile,
    $hhpredFile,
   );

##############################################################################
### read all needed parameters from commandline ##############################

&GetOptions(
    "help!" => \$help,        # print this help
    "f=s"   => \$fastaFile,   # fasta file of target protein
    "p=s"   => \$pdbFile,     # pdb file of template protein
    "h=s"   => \$hhpredFile,  # hhpred file with target-template alignment
) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

##############################################################################

# help
if ($help) {printHelp(); exit}

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### SETTINGS #################################################################
##############################################################################

# Get Author Information
my $author;
my $sg= "finger  " . `whoami`;
my @authorName = `$sg`;
@authorName = grep /life/, @authorName;
foreach (@authorName){
  if (/life:\s+(\S+\s+\S+)/){
    $author =  $1;
    last;
  }
}

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### SUBROUTINES ##############################################################
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sub printHelp {
###############################################################################
    # prints a help about the using and parameters of this scripts
    # (execute if user types commandline parameter -h)
    # param:  no paramaters
    # return: no return value

    my (
	$usage,
	$sourceCode,
	@rows,
	$row,
	$option,
	$scriptInfo,
	$example,
       );

    $usage = "$0\n";


    print "\nUsage: " .  $usage . "\n";

    print "Valid options are:\n\n";
    open(MYSELF, "$0") or
      die "Cannot read source code file $0: $!\n";
    $sourceCode .= join "", <MYSELF>;
    close MYSELF;
    $sourceCode =~ s/^.+?\&GetOptions\(\n//s;
    $sourceCode =~ s/\n\).+$//s;
    @rows = split /\n/, $sourceCode;
    foreach $row (@rows){
        $option = $row;
	$option =~ s/\s+\"//g;
	$option =~ s/\"\s.+\#/\t\#/g;
	$option =~ s/=./\t<value> [required]/;
	$option =~ s/:./\t<value> [optional]/;
	$option =~ s/!/\t<non value> [optional]/;

	$row =~ s/^.*//;
	print "\t";
	printf("%-1s%-30s%-30s\n", "-",$option,$row);

    } # end of foreach $row (@rows)
    print "\n";
    print "Options may be abreviated, e.g. -h for --help\n\n";

    $example  = "$0";
}

##############################################################################

sub downloadFastaFile {

  (my $id) = @_;

  $id = uc($id);

  my $ua = LWP::UserAgent->new;
  $ua->timeout(10);
  $ua->env_proxy;

  my $pageURL = 'http://www.uniprot.org/uniprot/';
  print STDERR "downloading ... ".$pageURL.$id.".fasta\n";
  my $response = $ua->get($pageURL.$id.".fasta");

#  $id = lc($id);
  if(-f $id.$fileEndFasta && !defined $force){
      print "File \"$id$fileEndFasta\" already exists in directory. Override? [y/N] ";
      my $answer=<STDIN>;
      chomp($answer);
      return if($answer ne "y" and $answer ne "Y");
  }

  open(F,">$outdir/$id$fileEndFasta") or die "Couldn't create file \"$id$fileEndFasta\"\n";
  my $input = $response->decoded_content;
    if ($input =~ /DOCTYPE html PUBLIC/){
      my @lines = split(/\n/,$input);
      my $newId = "";
      foreach my $line(@lines){
	  if($line =~ /.*\/uniprot\/(.*?)\?.*/){
	      $newId = $1;
	      last;
	  }
      }
      &downloadFastaFile($newId);
      print "Renaming file $newId$fileEndFasta to $id$fileEndFasta.\n";
      rename("$newId$fileEndFasta", "$id$fileEndFasta");
      return;
  }
  print F $input;
  close(F);
}

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##############################################################################
### END OF SUBROUTINES########################################################
##############################################################################


############
### MAIN ###
############

$fastaFile;
$pdbFile;
$hhpredFile;