BioinfoScripts/countResiduesInPdb.pl at master · mtp-usz/BioinfoScripts · GitHub

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#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 11.07.2009

use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;

###########################################################
##############################################################################
### read all needed parameters from commandline ##############################
##############################################################################

my $c;

&GetOptions(
  "c=s" => \$c,   # chain to be extract
) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

##############################################################################
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### SUBROUTINES
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### MAIN
##############################################################################
##############################################################################

my %hash;
while(<>){
    if(/^ATOM/){
	my $chainId  = substr($_, 21, 1);
	my $resName  = substr($_, 17, 3);
	my $resId    = substr($_, 22, 5);
	$resName =~ s/\s//g;
	$resId   =~ s/\s//g;
	if(exists $hash{$chainId}){
	    my %h = %{$hash{$chainId}};
	    $h{"$resName#$resId#"}="";
	    $hash{$chainId}=\%h;
	}
	else{
	    my %h=("$resName#$resId#","");
	    $hash{$chainId}=\%h;
	}
    }
}
foreach $c (keys %hash){
    my $n = keys %{$hash{$c}};
    print "$c\t$n\n";
}