BioinfoScripts/createCircosScript.pl at master · mtp-usz/BioinfoScripts · GitHub

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#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 01.01.2000

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### bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla         ###
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use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;

my (
    # variable for parameters which are read in from commandline
    $help,
   );

##############################################################################
### read all needed parameters from commandline ##############################

&GetOptions(
    "help!"      => \$help,     # print this help
) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

##############################################################################

# help
if ($help) {printHelp(); exit}

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### SETTINGS #################################################################
##############################################################################

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### SUBROUTINES ##############################################################
##############################################################################

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sub printHelp {
###############################################################################
    # prints a help about the using and parameters of this scripts
    # (execute if user types commandline parameter -h)
    # param:  no paramaters
    # return: no return value

    my (
	$usage,
	$sourceCode,
	@rows,
	$row,
	$option,
	$scriptInfo,
	$example,
       );

    $usage = "$0\n";


    print "\nUsage: " .  $usage . "\n";

    print "Valid options are:\n\n";
    open(MYSELF, "$0") or
      die "Cannot read source code file $0: $!\n";
    $sourceCode .= join "", <MYSELF>;
    close MYSELF;
    $sourceCode =~ s/^.+?\&GetOptions\(\n//s;
    $sourceCode =~ s/\n\).+$//s;
    @rows = split /\n/, $sourceCode;
    foreach $row (@rows){
        $option = $row;
	$option =~ s/\s+\"//g;
	$option =~ s/\"\s.+\#/\t\#/g;
	$option =~ s/=./\t<value> [required]/;
	$option =~ s/:./\t<value> [optional]/;
	$option =~ s/!/\t<non value> [optional]/;

	$row =~ s/^.*//;
	print "\t";
	printf("%-1s%-30s%-30s\n", "-",$option,$row);

    } # end of foreach $row (@rows)
    print "\n";
    print "Options may be abreviated, e.g. -h for --help\n\n";

    $example  = "$0";
}
##############################################################################
sub plot {

    (my $file, my $r1, my $r2, my $color) = @_;
    $r1 .= "r" if($r1 !~ /r$/);
    $r2 .= "r" if($r2 !~ /r$/);

    my $plot = <<"PLOT";
    <plot>
	file    = $file
	r1      = $r1
	r0      = $r2

	color   = $color
	fill_color = $color
    </plot>

PLOT

    return $plot;
}
##############################################################################
sub header {

my $header = <<"HEADER";

<<include colors_fonts_patterns.conf>>
<<include housekeeping.conf>>
<<include ideogram.conf>>
<<include ticks.conf>>

<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>

karyotype   = karyotype.human.hg19.txt

chromosomes_units = 10000000
    chromosomes       = chr1;chr2;chr3;chr4;chr5;chr6;chr7;chr8;chr9;chr10;chr11;chr12;chr13;chr14;chr15;chr16;chr17;chr18;chr19;chr20;chr21;chr22;chrX;chrY
chromosomes_display_default = no

################################################################
<plots>
    type             = histogram

HEADER

return $header;
}

##############################################################################
sub tail {

    my $tail = "</plots>\n";

    return $tail;
}

##############################################################################
### END OF SUBROUTINES########################################################
##############################################################################


############
### MAIN ###
############

if(@ARGV == 0) {
    print STDERR "\nUsage: $0 xxx.amr yyy.amr zzz.amr\n\n";
    exit;
}

print &header();

my $trackWidth = 1/(@ARGV+1);
my $track = 1;
for(my $i=0; $i<@ARGV; $i++) {
    print &plot($ARGV[$i], $track, $track-$trackWidth,"red");
    $track -= $trackWidth;
}
print &tail();