createDatasetRunScript4multimericComplexes.pl

#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 10.12.2009

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### Creates a dataset_run.sh script for a PDB file with enumarating all     ###
### combinatorics of the chains.                                            ###
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use strict;
use Getopt::Long;
use lib "/cluster/home/biol/akahrama/libs/Math-Combinatorics-0.09/lib";
use Math::Combinatorics;

my (
    # variable for parameters which are read in from commandline
    $help,
    $in,
    $dockingFlag,
    $combineFlag,
    $clusterFlag,


   );

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### read all needed parameters from commandline ##############################

&GetOptions(
      "help!"      => \$help,   # print this help
      "in=s"       => \$in,     # infile
      "dock=s"     => \$dockingFlag,     # path to docking_flags
      "combine=s"  => \$combineFlag,     # path to combineSilent_flags
      "cluster=s"  => \$clusterFlag,     # path to cluster_flags
) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

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# help
if ($help) {printHelp(); exit}

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### SETTINGS #################################################################
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# Get Author Information 
my $author;
my $sg= "finger  " . `whoami`;
my @authorName = `$sg`;
@authorName = grep /life/, @authorName;
foreach (@authorName){
  if (/life:\s+(\S+\s+\S+)/){
    $author =  $1;
    last;
  }
}
my $dbsubmitter = $author;

# Get Date
my @submitDate = split(" ", `date`);
my $dbsubmitDate = $submitDate[2] . "-" . $submitDate[1] . "-" .
                   $submitDate[5];

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### SUBROUTINES ##############################################################
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sub printHelp {
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    # prints a help about the using and parameters of this scripts 
    # (execute if user types commandline parameter -h)
    # param:  no paramaters
    # return: no return value

    my (
	$usage,
	$sourceCode,
	@rows,
	$row,
	$option,
	$scriptInfo,
	$example,
       );

    $usage = "$0 -in=<path> -field=[string] -stop=[integer] " .
             "-output [stdout|database] -help -list -verbose\n";


    print "\nUsage: " .  $usage . "\n";

    print "Valid options are:\n\n";
    open(MYSELF, "$0") or
      die "Cannot read source code file $0: $!\n";
    $sourceCode .= join "", <MYSELF>;
    close MYSELF;
    $sourceCode =~ s/^.+?\&GetOptions\(\n//s;
    $sourceCode =~ s/\n\).+$//s;
    @rows = split /\n/, $sourceCode;
    foreach $row (@rows){
        $option = $row;
	$option =~ s/\s+\"//g;
	$option =~ s/\"\s.+\#/\t\#/g;
	$option =~ s/=./\t<value> [required]/;
	$option =~ s/:./\t<value> [optional]/;
	$option =~ s/!/\t<non value> [optional]/;

	$row =~ s/^.*//;
	print "\t";
	printf("%-1s%-30s%-30s%-20s\n", "-",$option,$row);

    } # end of foreach $row (@rows)
    print "\n";
    print "Options may be abreviated, e.g. -h for --help\n\n";

    $example  = "$0 -in=../../databases/locuslink/locuslink_031007.txt ";
}

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### END OF SUBROUTINES########################################################
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### MAIN ###
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die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n" if(!defined $in);
die "\nFile \"$in\" NOT found\n\n" if (!-f $in);

my $dir = $in;
$dir=~s/.pdb$//;

open(F, $in) or die "Can't open file $in\n";
my %pdb;
while(my $l=<F>){ 
    $pdb{substr($l, 21, 1)}.=$l if($l=~/^ATOM/)
} 

my $noChains = keys(%pdb);
my @chainIds;
my $chainIds="";
foreach my $c(sort keys %pdb){push(@chainIds,$c);$chainIds.=$c;};

#combinatorics: n!/r!(n-r)!
my %h;
for(my $i=1; $i<=$noChains; $i++){
    my @comb = combine($i,@chainIds);
    for(my $r=0; $r<=$#comb; $r++){
	my @elem = @{$comb[$r]};
	my $chainIdsNotListed = $chainIds;
	my $chainIdsListed = "";
	for(my $j=0; $j<=$#elem; $j++){
	    $chainIdsListed .= $elem[$j]; 
	    $chainIdsNotListed =~ s/$elem[$j]//;
	}
	for(my $k=0; $k<length($chainIdsNotListed); $k++){
	    my $forward = $chainIdsListed."-".substr($chainIdsNotListed,$k,1);
	    my $reverse = substr($chainIdsNotListed,$k,1)."-".$chainIdsListed;

	    if(!exists $h{$forward} && !exists $h{$reverse}){
		$h{$forward}="";
	    } 
	}  
    } 
}

foreach my $h(sort {length($a)<=>length($b)} keys %h){
    mkdir($dir.$h);
    (my $p1, my $p2) = split(/-/,$h);
    open(O,">".$dir.$h.".pdb") or die "Can't create file $dir$h.pdb\n";
    for(my $i=0; $i<length($p1); $i++){
	print O $pdb{substr($p1,$i,1)}
    }
    print O "TER\n".$pdb{$p2};
    print "while [ \$(bjobs 2>&1 | wc -l) -gt 500 ];do echo \"Waiting 300 for jobs to finished\";sleep 300;done\n";
    print "cd $dir$h\n";
    print "/cluster/home/biol/akahrama/src/scripts/run_dockingSim.sh ../".$dir.$h.".pdb ../".$dir.$h.".pdb 40 250 1 ../$dockingFlag ../$combineFlag ../$clusterFlag 0 &\n";
    print "sleep 300\n";
    print "cd ..\n";
    
}
################
### end of main
### end of script
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