Added option for --in_itk to LTAConvert

Author: Gilles86

nipype/interfaces/freesurfer/tests/test_auto_LTAConvert.py

@@ -14,23 +14,27 @@ def test_LTAConvert_inputs():
     ),
     in_fsl=dict(argstr='--infsl %s',
     mandatory=True,
-    xor=('in_lta', 'in_fsl', 'in_mni', 'in_reg', 'in_niftyreg'),
+    xor=('in_lta', 'in_fsl', 'in_mni', 'in_reg', 'in_niftyreg', 'in_itk'),
     ),
     in_lta=dict(argstr='--inlta %s',
     mandatory=True,
-    xor=('in_lta', 'in_fsl', 'in_mni', 'in_reg', 'in_niftyreg'),
+    xor=('in_lta', 'in_fsl', 'in_mni', 'in_reg', 'in_niftyreg', 'in_itk'),
     ),
     in_mni=dict(argstr='--inmni %s',
     mandatory=True,
-    xor=('in_lta', 'in_fsl', 'in_mni', 'in_reg', 'in_niftyreg'),
+    xor=('in_lta', 'in_fsl', 'in_mni', 'in_reg', 'in_niftyreg', 'in_itk'),
     ),
     in_niftyreg=dict(argstr='--inniftyreg %s',
     mandatory=True,
-    xor=('in_lta', 'in_fsl', 'in_mni', 'in_reg', 'in_niftyreg'),
+    xor=('in_lta', 'in_fsl', 'in_mni', 'in_reg', 'in_niftyreg', 'in_itk'),
     ),
     in_reg=dict(argstr='--inreg %s',
     mandatory=True,
-    xor=('in_lta', 'in_fsl', 'in_mni', 'in_reg', 'in_niftyreg'),
+    xor=('in_lta', 'in_fsl', 'in_mni', 'in_reg', 'in_niftyreg', 'in_itk'),
+    ),
+    in_reg=dict(argstr='--initk %s',
+    mandatory=True,
+    xor=('in_lta', 'in_fsl', 'in_mni', 'in_reg', 'in_niftyreg', 'in_itk'),
     ),
     invert=dict(argstr='--invert',
     ),

nipype/interfaces/freesurfer/utils.py

@@ -3084,7 +3084,7 @@ def _normalize_filenames(self):
 
 class LTAConvertInputSpec(CommandLineInputSpec):
     # Inputs
-    _in_xor = ('in_lta', 'in_fsl', 'in_mni', 'in_reg', 'in_niftyreg')
+    _in_xor = ('in_lta', 'in_fsl', 'in_mni', 'in_reg', 'in_niftyreg', 'in_itk')
     in_lta = traits.Either(
         File(exists=True), 'identity.nofile', argstr='--inlta %s',
         mandatory=True, xor=_in_xor, desc='input transform of LTA type')
@@ -3100,6 +3100,9 @@ class LTAConvertInputSpec(CommandLineInputSpec):
     in_niftyreg = File(
         exists=True, argstr='--inniftyreg %s', mandatory=True, xor=_in_xor,
         desc='input transform of Nifty Reg type (inverse RAS2RAS)')
+    in_itk = File(
+        exists=True, argstr='--initk %s', mandatory=True, xor=_in_xor,
+        desc='input transform of ITK type')
     # Outputs
     out_lta = traits.Either(
         traits.Bool, File, argstr='--outlta %s',