feat: add wsi enhance mapper operator

runtime/ops/mapper/wsi_enhance_operator/README.md

@@ -0,0 +1,167 @@
+# WSIEnhance 全幻灯片成像处理算子
+
+## 概述
+
+WSIEnhance 是一个面向全幻灯片成像 (Whole Slide Imaging, WSI) 的智能化处理算子，集成了组织/笔迹/气泡/伪影检测、高质量 patch 提取、数据增强和染色归一化四大核心功能。
+
+## 功能特性
+
+### 1. 组织检测
+- 基于 HSV 颜色空间的组织区域识别
+- 自适应形态学处理，轮廓平滑完整
+- 支持淡染区、脂肪区、浅粉区的精确识别
+- 细脖子切断算法，避免两块组织通过浅色区连成一片
+
+### 2. 笔迹/伪影检测
+- 黑色/蓝色墨水笔迹识别
+- 组织折叠检测（黑红色细长带）
+- 近纯白空洞/裂隙识别
+- 深紫高密度组织保护，避免误标
+
+### 3. Patch 提取
+- 基于组织 mask 映射回原图坐标
+- 自动过滤白背景比例过高的 patch
+- 支持 256x256 标准尺寸输出
+- 精确的 patch 位置 JSON 导出
+
+### 4. 数据增强
+- 几何变换：随机旋转、翻转、弹性形变
+- 颜色变换：亮度、对比度、饱和度、色调调整
+- 噪声添加：高斯噪声、椒盐噪声
+- 模糊变换：高斯模糊、运动模糊
+
+### 5. 染色归一化
+- Macenko 方法 - 基于 SVD 分解组织染色浓度矩阵
+- Reinhard 方法 - 基于 LAB 颜色空间统计特性匹配
+- Vahadane 方法 - 基于稀疏非负矩阵分解
+- 支持自定义目标模板图像
+
+## 参数说明
+
+### 组织检测配置
+| 参数 | 类型 | 默认值 | 说明 |
+|------|------|--------|------|
+| 饱和度阈值 | slider | 8 | HSV 饱和度下限，越小越包含淡染区 |
+| 亮度上限 | slider | 225 | 组织亮度上限，越大越包含浅粉区 |
+| 最小组织面积 | slider | 1000 | 缩略图上保留的最小组织连通域面积（像素） |
+| 闭运算核大小 | slider | 51 | 组织闭运算核大小，大核糊住脂肪、轮廓圆润 |
+| 开运算核大小 | slider | 3 | 组织开运算核大小，偏小可减少碎片 |
+| 细桥断开核 | slider | 9 | 断开细桥的形态学核大小 |
+| 合并膨胀像素 | slider | 17 | 合并邻近组织碎块的膨胀像素数 |
+| 最终平滑核 | slider | 61 | 最终平滑轮廓用闭运算核 |
+
+### 笔迹检测配置
+| 参数 | 类型 | 默认值 | 说明 |
+|------|------|--------|------|
+| 笔迹亮度上限 | slider | 30 | 判定笔迹/黑色墨水的亮度阈值 |
+| 笔迹饱和度上限 | slider | 80 | 笔迹判定时的最大饱和度 |
+| 组织内笔迹亮度 | slider | 58 | 组织内仅"很暗"的像素才强制为笔迹 |
+| 最小笔迹面积 | slider | 25 | 笔迹连通域最小面积（像素） |
+
+### 伪影检测配置
+| 参数 | 类型 | 默认值 | 说明 |
+|------|------|--------|------|
+| 启用伪影检测 | switch | true | 是否启用伪影检测 |
+| 颜色偏差阈值 | slider | 42.0 | LAB 与组织主色偏差阈值 |
+| 最小伪影面积 | slider | 2000 | 伪影最小连通面积 |
+| 空白亮度下限 | slider | 235 | 近纯白亮度下限 V |
+| 空白饱和度上限 | slider | 12 | 近纯白饱和度上限 S |
+| 启用折叠检测 | switch | true | 是否检测组织折叠 |
+| 折叠 L 上限 | slider | 70 | LAB L 上限，越暗越可能是折叠 |
+| 折叠 a 下限 | slider | 120 | LAB a 下限，排除蓝紫 |
+
+### Patch 提取配置
+| 参数 | 类型 | 默认值 | 说明 |
+|------|------|--------|------|
+| Patch 尺寸 | slider | 256 | 提取 patch 的大小 |
+| 背景灰度阈值 | slider | 210 | 灰度>该值视为背景 |
+| 最大背景占比 | slider | 0.85 | 允许的背景最大占比（0~1） |
+| 缩略图最大边长 | slider | 3072 | 缩略图最大边长（px） |
+
+### 数据增强配置
+| 参数 | 类型 | 默认值 | 说明 |
+|------|------|--------|------|
+| 启用数据增强 | switch | false | 是否启用数据增强 |
+| 增强倍数 | slider | 1 | 每个 patch 生成的增强版本数量 |
+| 启用旋转 | switch | true | 随机旋转 (-30~30 度) |
+| 启用翻转 | switch | true | 随机水平/垂直翻转 |
+| 启用颜色抖动 | switch | true | 亮度/对比度/饱和度调整 |
+| 启用噪声 | switch | false | 添加高斯/椒盐噪声 |
+| 启用模糊 | switch | false | 高斯模糊 |
+| 启用弹性形变 | switch | false | 弹性形变 |
+
+### 染色归一化配置
+| 参数 | 类型 | 默认值 | 说明 |
+|------|------|--------|------|
+| 启用染色归一化 | switch | false | 是否启用染色归一化 |
+| 归一化方法 | select | macenko | macenko/reinhard/vahadane |
+| 目标模板路径 | text | - | 目标染色模板图像路径 |
+
+## 输入输出
+
+**输入**: WSI 图像文件路径（`image_path` 字段）
+
+**输出**: 包含以下字段：
+- `thumbnail_path`: 缩略图路径
+- `thumbnail_overlay_path`: 叠加组织/笔迹/气泡轮廓的缩略图
+- `patch_positions_json`: patch 位置 JSON 文件路径
+- `patches_dir`: patch 输出目录
+- `patch_count`: 提取的 patch 数量
+- `augmented_count`: 生成的增强 patch 数量
+- `wsi_size`: 原图尺寸
+- `coords_thumbnail`: 组织/笔迹/伪影/气泡轮廓坐标
+- `wsi_processor_metadata`: 处理元数据
+
+## Patch 输出格式
+
+### 原始 Patch
+- 命名格式：`patch_<x>_<y>.png`
+- 尺寸：256x256 像素
+- 格式：RGB PNG
+- 坐标系：原图 level-0 坐标系
+
+### 增强 Patch
+- 命名格式：`patch_<x>_<y>_aug<n>.png`
+- 数量：由 `aug_factor` 参数控制
+- 内容：随机旋转、翻转、颜色抖动等增强版本
+
+### 位置 JSON
+```json
+{
+  "wsi_size": {"w": 100000, "h": 80000},
+  "patch_size": 256,
+  "patch_count": 1234,
+  "patches": [
+    {"x": 1024, "y": 2048},
+    {"x": 1280, "y": 2048}
+  ]
+}
+```
+
+## 轮廓坐标格式
+
+`coords_thumbnail` 字段包含以下轮廓坐标（缩略图坐标系）：
+- `tissue_contours`: 组织轮廓
+- `note_contours`: 笔迹轮廓
+- `artifact_contours`: 伪影轮廓
+- `bubble_contours`: 气泡轮廓
+
+每个轮廓为点列表：`[[x1, y1], [x2, y2], ...]`
+
+## 依赖说明
+
+- numpy >= 1.21.0
+- opencv-python-headless >= 4.5.0
+- Pillow >= 8.0.0
+- openslide-python >= 1.1.0
+- torchstain >= 1.0.0 (染色归一化可选)
+- pyvips >= 2.0.0 (巨型图像读取可选)
+- wsidicom >= 0.1.0 (DICOM WSI 读取可选)
+
+## 系统依赖
+- OpenSlide 库（openslide-python 依赖）
+- libvips（pyvips 依赖，可选）
+
+## 版本历史
+
+- **v1.0.0**: 首次发布，支持 WSI 组织检测、patch 提取、数据增强、染色归一化

runtime/ops/mapper/wsi_enhance_operator/__init__.py

@@ -0,0 +1,11 @@
+# -*- coding: utf-8 -*-
+"""
+WSIEnhance 全幻灯片成像处理算子注册入口
+"""
+
+from datamate.core.base_op import OPERATORS
+
+OPERATORS.register_module(
+    module_name='WSIEnhanceMapper',
+    module_path="ops.user.wsi_enhance_operator.process"
+)