🚀 OMOP-CDM + OHDSI WebAPI + ATLAS + Achilles (Docker en Windows)

Este repositorio contiene un entorno completo de la pila OHDSI/OMOP configurado para ejecutarse en Windows Docker Desktop.
Incluye los siguientes componentes:

• 🧱 OMOP CDM v5.4 en PostgreSQL
• ⚙️ WebAPI de OHDSI configurado automáticamente
• 🌐 ATLAS (interfaz web) conectado al WebAPI
• 📊 Achilles para generar estadísticas descriptivas
• 🧩 Seeder opcional para registrar la fuente en WebAPI

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📦 Requisitos previos

Antes de comenzar, asegúrate de tener instalado:

1. Docker Desktop para Windows

   • Habilita el WSL2 backend (recomendado).
   • Asigna al menos 4 GB de RAM y 2 CPU en Settings → Resources.

2. Git (para clonar este repositorio).

   • Descarga desde: https://git-scm.com/download/win

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📁 Estructura del proyecto

OMOP_Atlas_WebAPI_Docker/
├── Achilles.Dockerfile           # Imagen personalizada para correr Achilles
├── Dockerfile                    # Imagen base para la BD OMOP
├── docker-compose.yml            # Definición principal de servicios
├── config-local.js               # Configuración de ATLAS
├── default.conf                  # Configuración de Nginx para ATLAS
├── loadDb.sh                     # Script para cargar el CDM y vocabularios
├── scripts/
│   └── seed-webapi.sh            # Script que inserta la fuente en WebAPI
├── vocab/                        # Carpeta con los vocabularios OHDSI (VOCAB)
└── achilles-output/              # (Se genera automáticamente con los resultados)

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🧰 Servicios incluidos

Servicio	Puerto local	Descripción
omop54	5432	Base de datos PostgreSQL con OMOP CDM
webapi	8080	Backend OHDSI WebAPI
atlas	8081	Interfaz web ATLAS
webapi-seeder	—	Inicializa las fuentes en WebAPI
achilles	—	Genera estadísticas descriptivas (R)

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⚙️ Instrucciones de uso

1️⃣ Clonar el repositorio

git clone https://github.com/sk4na/OMOP_Atlas_WebAPI_Docker.git
cd OMOP_Atlas_WebAPI_Docker

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2️⃣ Cargar los vocabularios (solo la primera vez)

Copia tus archivos de vocabulario OHDSI (.csv) dentro de la carpeta vocab/.

⚠️ Si usas los vocabularios oficiales de Athena, asegúrate de descomprimirlos aquí.

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3️⃣ Iniciar toda la pila

docker compose up -d

Esto:

• Iniciará PostgreSQL (omop54),
• Esperará a que esté saludable,
• Lanzará WebAPI (webapi) y luego ATLAS (atlas),
• El entorno quedará completamente operativo.

Para ver el estado:

docker ps

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4️⃣ Acceder a la interfaz web

• ATLAS: http://localhost:8081
• WebAPI (JSON): http://localhost:8080/WebAPI

Si ATLAS muestra “Application initialization failed”, asegúrate de ejecutar el seeder una vez.

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Verifica: http://localhost:8080/WebAPI/source/sources

Deberías ver algo como:

[
  {
    "sourceId": 1,
    "sourceName": "OMOP54 (Postgres)",
    "sourceKey": "OMOP54",
    "daimons": [...]
  }
]

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6️⃣ (Opcional) Ejecutar Achilles

Cuando tu base OMOP tenga datos reales, ejecuta Achilles para generar estadísticas.

docker compose --profile achilles run --rm achilles

Los resultados se almacenan en la carpeta achilles-output/.

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Detener el entorno

docker compose down

Para borrar también los volúmenes (base de datos, etc.):

docker compose down -v

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🧩 Personalización

• Modifica loadDb.sh si deseas importar tus propios datos CDM.
• Ajusta los nombres de esquemas (cdm, results, temp, webapi) dentro de docker-compose.yml.
• Puedes aumentar los tiempos de healthcheck si tu base tarda en iniciarse (útil en PCs lentos).

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💡 Consejos útiles

• Para revisar los logs:

  docker compose logs -f webapi
  

• Si WebAPI reinicia constantemente, probablemente no logra conectar a PostgreSQL.

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🧑‍💻 Créditos

Proyecto basado en la pila OHDSI:

• OHDSI/WebAPI
• OHDSI/Atlas
• OHDSI/Achilles

Configurado y documentado por @sk4na.

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🧹 Limpieza total

Si quieres eliminar todos los contenedores, volúmenes e imágenes asociados:

docker compose down -v --rmi all
docker system prune -af

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